Tworzenie organizmów z tego typu na wpół sztucznym DNA może być początkiem boomu inżynierii genomowej – z czasem można będzie wstawiać do DNA co nam się tylko podoba. Można będzie choćby tworzyć nowe aminokwasy, a zatem nowe białka o możliwościach, jakich dziś nie znamy.
Obecny alfabet DNA daje przepis na 20 aminokwasów, z których budowane są białka. Powiększenie go do sześciu liter zwiększa pulę już do 172!
Człowieku, bój się? Czy sztuczni ludzie zdominują świat za, powiedzmy, pół wieku?
- Standardowy alfabet (4 litery, A/T i C/G) umożliwia stworzenie nawet 4 * 4 * 4 = 64 trzyliterowych słów (takich jak „ATG”, kodujące aminokwas metioninę, albo „GAG”, kodujące kwas glutaminowy). Te 64 słowa kodują tylko 21 znaczeń (20 aminokwasów i „stop”), bo są synonimy — różne słowa, które kodują te same znaczenia (np. zarówno GAG, jak i GAA kodują kwas glutaminowy). Zatem jak widać nie chodzi o samą pojemność kodu, bo można tak zmodyfikować już istniejący, by kodował niestandardowe aminokwasy.
- Przy pomocy trójliterowego kodu z sześcioliterowym alfabetem A/T, C/G i X/Y teoretycznie można stworzyć 6 * 6 * 6, a więc 216 słów. Czyli, nie ruszając dotychczasowych 64 słów, tak naprawdę dla dodatkowych aminokwasów będzie 216 – 64 = 152 nowych kodonów (a nie 172, jak napisano w GW). Dowcip w tym, że ten nowy kod jest dodatkowy, jego ewentualne manipulacje nie wpłyną na resztę funkcjonowania komórki. Można się „bawić” niestandardowymi kodonami nie martwiąc się o to, jak zmieni to syntezę białek używających dotychczasowego kodu.
- Celowe wprowadzanie niestandardowych aminokwasów do sekwencji białek z wykorzystaniem nowego, sztucznego kodonu było możliwe już 1992. Synteza DNA z niestandardowymi nukleotydami jeszcze dawniej (sam „tymi ręcami” robiłem takie DNA — był to etap w sekwencjonowaniu metodą Sangera).
- No to o co chodzi? Tak naprawdę znaczenie pracy Malysheva jest takie, że udało się ten kod wprowadzić na stałe do komórki bakteryjnej, tak że zmodyfikowane, niestandardowe DNA podlega naturalnej replikacji.
A po co w ogóle te niestandardowe aminokwasy? Do syntetyzowania sztucznych ludzi? Nie do końca: warto pamiętać, że Natura już zna sposoby na tworzenie białek zawierających niestandardowe aminokwasy. Na przykład, wiele antybiotyków (takich jak aktynomycyna) to polipeptydy syntetyzowane przez specjalne enzymy (NRPS, non-ribosomal peptide synthetases) zawierające przeróżne dziwaczne aminikwasy (i nie tylko). A antybiotyki nam się kończą przez tę sukę, ewolucję.
Na koniec Margit Kossobudzka uspokaja nas słowami Ventera: nie mamy się czego bać, bo „stworzenie choć jednej eukariotycznej sztucznej komórki jest znacznie trudniejsze, na razie poza naszymi możliwościami”. Słowa Ventera zresztą dotyczą nie artykułu, o którym pisze pani Kossobudzka, tylko trochę czego innego, co faktycznie jest tematem „News and Views” w dzisiejszej Nature — biologii syntetycznej.
Ogólnie rzecz biorąc, każda informacja podawana przez autorkę ma jakiś związek z rzeczywistością i chyba jej zamiary były dobre; ale wyszło z tego pomieszanie z poplątaniem. Naukowcy próbują robić Frankensteina, nie wiadomo po co, ale spoko, nie mamy się czego bać, bo to na razie za trudne.
A szkoda, bo w różnych artykułach w dzisiejszej Nature mowa jest i o etyce, i o kontroli, i o zastosowaniach. Volker ter Meulen na przykład postuluje by jak najszybciej zdecydować się na regulacje prawne dotyczące kontroli „biologii syntetycznej”. Dzięki temu będzie można lepiej poradzić sobie z kontrowersjami, jakie na pewno pojawią się w związku z tą nową dziedziną.
I jeszcze jedna drobna nieścisłość: W dzisiejszej Nature nie ma żadnej pracy Romesberga ani komentarzy Rossa Thyera i Jareda Ellefsona. Pani Kossobudzka publikuje za Timesem publikacje, które ukazały się póki co wyłącznie online (tu i tu). Różnica trochę taka jak między „Gazetą Wyborczą” z kiosku a gazeta.pl (choć faktem jest, że praca Malysheva jest przyjęta do druku).
Biokompost 