Ponieważ mój list do gazety w sprawie artykułu „Geny — gdzie ta rewolucja?” nie doczekał się nawet odpowiedzi w stylu „pocałuj nas w nos, króliczku” (co skądinąd jest w pełni zrozumiałe), poniżej cytuję go w całości.
Date: 2010/4/1
Subject: Nie samochody, tylko rowery — artykuł Margit Kossobudzkiej „Geny — gdzie ta rewolucja?”
To: redakcja@gazeta.pl, konrad.sadurski@gazeta.pl, nauka@gazeta.pl
Cc: slawomir.zagorski@gazeta.pl, margit.kossobudzka@gazeta.pl
Szanowni Państwo,
pani Margit Kossobudzka w artykule „Geny — gdzie ta rewolucja” (NR 77.6295, 1 kwietnia 2010) nie tylko popełnia błędy merytoryczne i przeinacza sens problemu, ale na dodatek błędnie cytuje Francisa Collinsa, przypisując mu słowa o znaczeniu przeciwnym do tych, które wypowiedział.
Artykuł jest najwyraźniej oparty na dzisiejszym wydaniu „Nature”, w którym pojawiły się artykuły Collinsa i Ventera. Część wypowiedzi obu uczonych jest niemal nie zmieniona. Jednakże komentarz Collinsa do listy jego przepowiedni z 2000 roku (nota bene też źle przetłumaczonej) brzmi jak następuje:
„It is fair to say that all of these predictions have come true, with some caveats that offer important lessons about the best path forward for genomics and personalized medicine.”
Natomiast pani Margit Kossobudzka przypisuje Collinsowi następujące słowa:
„I co? Nie sprawdziło się żadne z moich przewidywań, może poza ostatnim. „
To oczywiście pasuje do tezy artykułu p. Kossobudzkiej, wyrażonej w tytule, ale nijak się ma do treści wypowiedzi Collinsa i jej wymowy.
Oprócz tego pani Kossobudzka popełnia w swoim artykule zasadniczy błąd: odcyfrowanie sekwencji DNA miało olbrzymie znaczenie nie tylko dla genetyki, ale praktycznie każdej dziedziny biologii, która w jakimś stopniu dotyczy biologii człowieka. Bez tej sekwencji nie byłoby mikromacierzy, jednego z podstawowych narzędzi badawczych, nie byłoby szybkich metod identyfikacji białek w proteomice (MS) i prawie na pewno nie byłoby całej rewolucji nauk „omikowych” (transkryptomika, proteomika i tak dalej) oraz metod generujących duże zestawy danych (high throughput), bez których nie można sobie wyobrazić współczesnej nauki.
Innymi słowy, oprócz znaczenia dla projektów takich jak HapMap, gdzie zbiera się związki mutacji z chorobami, a pośrednio także dla zastosowań medycznych, pojawienie się sekwencji genomowych doprowadziło do rewolucji w technikach molekularnych stosowanych w pracy naukowej. Wydaje mi się, że rewolucję ostatnich kilku lat trudno przeoczyć komukolwiek, kto choć pobieżnie interesuje się biologią.
Autorka pisze: „Jednak to, czego najbardziej brakuje, to korzyści z tego wszystkiego dla medycyny klinicznej”. Nic bardziej mylnego. Przykładowo, grupa naukowa, w której pracuję, bierze m.in. udział w testach klinicznych oraz prowadzi badania nad gruźlicą. Otóż zaręczam Autorce, że bez istnienia metod opartych na sekwencji ludzkiego genomu żadnych z tych badań nie dałoby się przeprowadzić, choćby dlatego, że nie istniałyby mikromacierze (microarrays). Na co dzień korzystamy z dobrodziejstwa, jakim jest pełna sekwencja genomu — do tego stopnia, że nie wyobrażamy sobie, jak mogłaby wyglądać praca bez tej informacji. A przecież jest to grupa zajmująca się „tylko” immunologią i biologią infekcji — a nie genetyką.
Pomijając nieporozumienie związane z realnym znaczeniem sekwencji ludzkiej dla wszelkiej maści badań naukowych, istnieje jeszcze jedna rzecz, z której autorka chyba nie zdaje sobie sprawy. Zainteresowanie chorobami o podłożu genetycznym nie bierze się z przekonania, że wszystkie choroby mają podłoże genetyczne. Jednak studiowanie defektów genetycznych pozwala na identyfikację genów, które są istotne w pewnej chorobie — a pośrednio na poznanie mechanizmów związanych z chorobą. Na przykład: tylko część przypadków Alzheimera jest dziedzicznych, ale studia nad dziedziczną formą Alzheimera są niezwykle istotne dla zrozumienia mechanizmu tej choroby.
Jeśli chodzi o błędy merytoryczne, pozwolę sobie zauważyć, że sugestia, iż „nasze skłonności do chorób w większości nie znajdują się w genach”, lecz w „junk DNA” jest dyskusyjna. Po pierwsze, geny nie kodujące białka (np. microRNA) też są genami. Liczba, którą podaje autorka, dotyczy genów kodujących białka (już mniejsza o to, że chodzi nie o 20,000, tylko raczej 25,000-35,000 genów). Po drugie, nie wiadomo, w jakim stopniu choroby o podłożu genetycznym biorą się z mutacji w sekwencjach niekodujących, bo nie znamy ich aż tak wiele. Po trzecie, mniej więcej od połowy lat dziewięćdziesiątych wiadomo, że określenie „DNA śmieciowe” jest bardziej niż mylące.
Na koniec muszę skomentować ostatnie zdanie artykułu: „Czy już niedługo genetyka okaże się lekiem na wszystko?” Czy ktoś serio może oczekiwać, że jedna dziedzina biologii odpowie na wszystkie pytania? Bo chyba nie naukowcy. Chyba, że Autorka inaczej rozumie pojęcie „genetyka” — sugestia, że panuje „moda na genetykę” zdaje się to potwierdzać, bo moda na „genetykę” sensu stricte przeminęła już dziesiątki lat temu — teraz mamy modę na badania high-throughput, ale na geny starego Mendela — z genetyką to często miewa mało wspólnego.
Pozdrawiam,
January Weiner
Biokompost 
Autorka poruszyła trudny temat. Niepotrzebnie, bo ją przygniótł. Błąd, który wytykasz, sugeruje że w ogóle nie wie o czym pisze. Rzuciłem okiem na samą końcówkę „Ani szczupły, ani atletyczny” w której Collins wychodzi na autentycznego przygłupa. Pozwolę sobie wkleić, bo tak rozkosznego bałaganu już dawno nie widziałem (ktoś to w ogóle czytał?):
Ani szczupły, ani atletyczny
Dzięki badaniom genetycznym Collins dowiedział się, że ma predyspozycje do cukrzycy typu 2, czego nigdy nie podejrzewał: – Moja rodzina zawsze była szczupła i atletycznej budowy.
Co może zrobić? Co najwyżej schudnąć, ale na razie nie ma na sposobu na zmniejszenie ryzyka zachorowania.
– To samo mogę stwierdzić, patrząc na historię rodziny, i przy okazji nic za to nie płacę – mówi.
Spójrzmy, czy ma rację. Według raportu Reutersa dzisiaj w USA są dostępne:
– test krwi, który może powiedzieć, czy rak jelita grubego i piersi u pacjenta będzie dawał przerzuty lub powróci;
– testy, które potrafią ocenić, czy w przypadku raka piersi kobieta odniesie korzyści z danej chemioterapii;
– testy potrafiące „wyłowić” osoby, które słabo reagują na dwa leki przeciwzakrzepowe ratujące życie.
To w zasadzie wszystko.
– Koszt odczytywania materiału genetycznego spada, ale za to zalewa nas fala informacji, która przeciąża umysły uczonych i dyski komputerów. Niewiele z tego wynika – martwi się Collins.
Złośliwi dziennikarze wytykają mu jednak, że gdy dowiedział się o ryzyku cukrzycy, nie był już ani szczupły, ani atletyczny. A w jego rodzinie nie było historii cukrzycy.
A zatem? Czy już niedługo genetyka okaże się lekiem na wszystko?
Powinieneś był użyć tytułów naukowych w podpisie i podeprzeć się stanowiskiem, y’know. W końcu próbujesz dotrzeć do polskiej prasy. :-)
Um, podpisałem się jak się podpisałem, ale pod spodem była stopka z tytułami, pracodawcą i numerem telefonu :-)
Aż szkoda zdrowia i czasu. Kiedyś napisałam do BBC z poprawką (sensowną, ale i na upartego ktoś mógłby powiedzieć, że się czepiam). Po niedługim czasie sprawdziłam – poprawili. Za to kiedy napisałam do red. Zagórskiego, że są pewne nieścisłości w jednym z jego artykułów, nawet mi odpowiedział. I przyznał rację, ale stwierdził jednocześnie, że poprawiać nie będzie, bo te informacje można znaleźć gdzie indziej. Machnęłam więc ręką i macham od tej pory. Pewnie nie powinnam machać, ale przyznam, że mi się nie chce. Tym bardziej, że przecież pod doniesieniami w Gazecie czy na portalu zdarzają się bardzo sensowne komentarze, które, zakładam, autorzy czytają/mogą sobie poczytać.
Tyle, że tutaj sprawa jest grubsza, bo autorka odwróciła słowa Collinsa o 180° — czyli to nie jest już nieścisłość.
Muszę też powiedzieć, że do tej pory w podobnych sytuacjach dziennikarze czy korespondenci GW zawsze uprzejmie odpowiadali na moje listy.
No więc mnie też wtedy red. Zagórski odpowiedział, także bardzo uprzejmie. A rzeczywiście, w tym obecnym wypadku, błąd jest chyba poważniejszy, niż był w tym poprzednim, kiedy ja pisałam.
Jak rozumiem odczekałeś tyle co zwykle (z poprawką na Wielkanoc), więc powinni już odpowiedzieć. A dotychczas odpowiadali i poprawiali, czy tylko odpowiadali (tzn. poprawiali wyłącznie Twoje samopoczucie)?
Całkiem możliwe, że Wyborcza i tak ma najlepszy kącik naukowy (nic trudnego gdy konkurencja jest jeszcze gorsza), a przyczyny generowania bubli są oczywiste i prozaiczne (brak wiedzy i czasu oraz jakość pracy adekwatna do płacy). Byłoby miło, gdyby kąciki naukowe otaczano szczególną troską (czyli dopłacano do interesu) zakładając, że i tak warto, bo docenią to opiniotwórczy czytelnicy. No ale pewnie jakaś specjalistyczna firma doradcza doradziła, że wykształconych (i marudnych) czytelników najlepiej olewać, a więcej kasy przeznaczyć na reklamę.
@ sporothrix – BBC to media publiczne, a Wyborcza nie. BBC żyje z abonamentu i nie wydaje gazety, Wyborcza ze sprzedaży gazety. Co z tego, że autorzy mogą sobie poczytać komentarze pod ich tekstami online, jeśli nie mogą ich poprawiać? A dla sprzedaży papierowej gazety byłoby nawet niedobrze, gdyby teksty w sieci były wyższej jakości niż na papierze.
A w tym przypadku należałoby chyba napisać wszystko od nowa.
No tak, pewnie nie chcą różnic między wersjami. Moim zdaniem warto byłoby zmieniać choć online, ale możliwe, że jest tak, jak piszesz. I rzeczywiście – w niektórych przypadkach powinni chyba napisać wszystko od nowa (od początku po prostu dobrze).
@kwik: Ale Guardian już nie jest publicznym wydawnictwem, a ma niesamowitą sekcję naukową. O którą bardzo dba. Inna sprawa, że Guardian dba o całokształt, czego niezłym dowodem są nagrody dla najlepszej strony informacyjnej roku począwszy od roku 2005 po dziś dzień (2005-2007 Webby Awards i 2008-2009 British Press Award).
Strona oczywiście zawiera materiały publikowane w papierowym wydaniu Guardiana, ale potężna część jej zawartości jest online only. I mimo to jej jakość nie jest ani odrobinę gorsza.
Strasznie mnie smuci to ignorowanie bardziej oblatanych w temacie czytelników. W mojej osobie GW straci wkrótce całkiem jednego.
W zasadzie powinieneś może coś dla nich czasem napisać? Ten list się (już poza merytoryką) świetnie czyta. Mogłeś dla esensji, to i GW da radę :)
@sporothrix
„Tym bardziej, że przecież pod doniesieniami w Gazecie czy na portalu zdarzają się bardzo sensowne komentarze, które, zakładam, autorzy czytają/mogą sobie poczytać.”
Ze swojej powierzchownej znajomości moich kolegów i koleżanek wnoszę, że czytanie forum to rzadka perwersyjna rozrywka uprawiana głównie przeze mnie. A i to raczej w poszukiwaniu lolkontentu typu „prawicowi psychole”. Nie wierzę, żeby dział nauki czytał komentarze pod tekstami działu nauki.
@sheik
„W zasadzie powinieneś może coś dla nich czasem napisać?”
Moim zdaniem, powinni (oni – dział nauki, czyli my – „Gazeta”) Januaremu ten tekst wydrukować. Zagadnę jak będę w redakcji.
Rozumiem. Miałam nadzieję, że może jednak czasem zagladają. No i pamiętam błąd (na portalu to było, w dziale zajmującym się ogólnie zdrowiem), który internauci bardzo wyśmiali, a autorka zabrała głos w dyskusji i przeprosiła. Z tego co piszesz wynika, że to był pewnie wyjątek.
O, hej. Miło mi, że tak sądzisz, chociaż to jest tl;dr, a w ogóle — kto coś takiego będzie teraz czytał. Tak że ja wysyłając ten list na bloga pomyślałem sobie, dobrze; albo to była jednorazowa pomyłka autorki, i w takim razie OK. Albo — nie, i w takim razie prędzej czy później napiszę kolejny list.
A tyka mnie to wszystko dlatego, że GW jest jedyną gazetą w Polsce z przyzwoitym działem naukowym.
@ztrewq
” Miło mi, że tak sądzisz, chociaż to jest tl;dr, a w ogóle — kto coś takiego będzie teraz czytał.”
No, musialem sprawdzić w Wikipedii, co to są mikromacierze (strasznie bym się tym ekscytował, gdyby to było za moich czasów!). Więc zrobienie z tego czegoś do gazety codziennej wymagałoby pewnej obróbki.
„A tyka mnie to wszystko dlatego, że GW jest jedyną gazetą w Polsce z przyzwoitym działem naukowym.”
Nie bój nie bój, w miarę upadku prasy papierowej, w pierwszej kolejności lecieć będzie nauka i kultura. Możemy być pewni, że w ostatnim papierowym wydaniu będzie coś o kolejce ligowej i coś o tym, jakimi słowy Palikot znieważył Niesiołowskiego, bo o tym ludzie chcą czytać na pewno. Nic naukowego już tam jednak nie będzie.
ztrewq, przeczytałem i (no offence) od razu mi to przyszło do głowy:
http://xkcd.com/386/
Ale poza tym całkowicie popieram. Żenującym jest brak jakiejkolwiek reakcji. Zwłaszcza, że o ile mnie pamięć nie myli, pani Kossobudzka zdobyła bodaj w zeszłym roku nagrodę dla najlepszego dziennikarza naukowego, czy coś w ten deseń. Jak to świadczy o jej dziennikarstwie, że a. przeinacza fakty i b. nie reaguje na komentarze czytelników zwracających uwagę na to karygodne zaniedbanie.
Wpadłem na Sławka na stołówce – twierdzi, że nie dostał żadnego listu. Apeluję do Gospodarza by wysłał ponownie. Mamy w firmie mały kolaps komunikacyjny w związku z przesiadką z jednego systemu poczty korporacyjnej na drugi. Nowy system ma dużo brutalniejszy spamfilter, sporo materiałów pijarowych odnajduję już w skrzynce „spam”, znając zamiłowanie Gospodarza do Google i Gmaila podejrzewam, że mógł wysłać z domeny, której żaden spamołap nie lubi.
W razie czego, wezmę na siebie rolę posłańca (tuszę, że Gospodarzowi znany jest mój adres niekorporacyjny).